最早的博物馆是张謇于清光绪三十一年（1905)在江苏南通创建的博物苑。这座博物苑的陈列品共分四个部分，包括、、美术、教育等， 收藏许多有价值的实物标本与历史文物。

1938年日军侵入南通，该苑遭到严重破坏。中华人民共和国成立后，经人民政府拨款修复，更名为。